immuneML.data_model package

Subpackages

• immuneML.data_model.cell package
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  • immuneML.data_model.cell.Cell module
    • Cell
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• immuneML.data_model.dataset package
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  • immuneML.data_model.dataset.Dataset module
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  • immuneML.data_model.dataset.ElementDataset module
    • ElementDataset
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  • immuneML.data_model.dataset.ReceptorDataset module
    • ReceptorDataset
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  • immuneML.data_model.dataset.RepertoireDataset module
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  • immuneML.data_model.dataset.SequenceDataset module
    • SequenceDataset
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      • SequenceDataset.get_metadata()
  • Module contents
• immuneML.data_model.encoded_data package
  • Submodules
  • immuneML.data_model.encoded_data.EncodedData module
    • EncodedData
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• immuneML.data_model.receptor package
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    • immuneML.data_model.receptor.receptor_sequence package
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      • immuneML.data_model.receptor.receptor_sequence.SequenceAnnotation module
      • immuneML.data_model.receptor.receptor_sequence.SequenceFrameType module
      • immuneML.data_model.receptor.receptor_sequence.SequenceMetadata module
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  • immuneML.data_model.receptor.BCKReceptor module
    • BCKReceptor
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      • BCKReceptor.create_from_record()
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  • immuneML.data_model.receptor.BCReceptor module
    • BCReceptor
      • BCReceptor.FIELDS
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      • BCReceptor.version
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    • ChainPair
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      • ChainPair.IGH_IGL
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      • ChainPair.TRG_TRD
      • ChainPair.get_chain_pair()
  • immuneML.data_model.receptor.ElementGenerator module
    • ElementGenerator
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      • ElementGenerator.make_subset()
  • immuneML.data_model.receptor.Receptor module
    • Receptor
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      • Receptor.clone()
      • Receptor.create_from_record()
      • Receptor.get_attribute()
      • Receptor.get_chain()
      • Receptor.get_chains()
      • Receptor.get_record()
      • Receptor.get_record_names()
  • immuneML.data_model.receptor.ReceptorBuilder module
    • ReceptorBuilder
      • ReceptorBuilder.build_object()
      • ReceptorBuilder.build_objects()
  • immuneML.data_model.receptor.RegionType module
    • RegionType
      • RegionType.FULL_SEQUENCE
      • RegionType.IMGT_CDR1
      • RegionType.IMGT_CDR2
      • RegionType.IMGT_CDR3
      • RegionType.IMGT_FR1
      • RegionType.IMGT_FR2
      • RegionType.IMGT_FR3
      • RegionType.IMGT_FR4
      • RegionType.IMGT_JUNCTION
  • immuneML.data_model.receptor.TCABReceptor module
    • TCABReceptor
      • TCABReceptor.FIELDS
      • TCABReceptor.create_from_record()
      • TCABReceptor.get_chains()
      • TCABReceptor.get_record_names()
      • TCABReceptor.version
  • immuneML.data_model.receptor.TCGDReceptor module
    • TCGDReceptor
      • TCGDReceptor.FIELDS
      • TCGDReceptor.create_from_record()
      • TCGDReceptor.get_chains()
      • TCGDReceptor.get_record_names()
      • TCGDReceptor.version
  • Module contents
• immuneML.data_model.repertoire package
  • Submodules
  • immuneML.data_model.repertoire.Repertoire module
    • Repertoire
      • Repertoire.FIELDS
      • Repertoire.build()
      • Repertoire.build_from_sequence_objects()
      • Repertoire.build_like()
      • Repertoire.cells
      • Repertoire.check_count()
      • Repertoire.free_memory()
      • Repertoire.get_attribute()
      • Repertoire.get_attributes()
      • Repertoire.get_chains()
      • Repertoire.get_counts()
      • Repertoire.get_element_count()
      • Repertoire.get_j_genes()
      • Repertoire.get_region_type()
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      • Repertoire.get_sequence_objects()
      • Repertoire.get_v_genes()
      • Repertoire.load_data()
      • Repertoire.process_custom_lists()
      • Repertoire.receptors
      • Repertoire.sequences
  • Module contents

Submodules

immuneML.data_model.DatasetItem module

class immuneML.data_model.DatasetItem.DatasetItem

Bases: object

abstract get_attribute(name: str)

Module contents