immuneML.api package

Subpackages

• immuneML.api.aggregated_runs package
  • Submodules
  • immuneML.api.aggregated_runs.MultiDatasetBenchmarkTool module
    • MultiDatasetBenchmarkTool
      • MultiDatasetBenchmarkTool.run()
  • Module contents
• immuneML.api.galaxy package
  • Submodules
  • immuneML.api.galaxy.ApplyGenModelTool module
    • ApplyGenModelTool
  • immuneML.api.galaxy.DataSimulationTool module
    • DataSimulationTool
      • DataSimulationTool.prepare_specs()
  • immuneML.api.galaxy.DatasetGenerationOverviewTool module
    • DatasetGenerationOverviewTool
  • immuneML.api.galaxy.DatasetGenerationTool module
    • DatasetGenerationTool
  • immuneML.api.galaxy.GalaxyMLApplicationTool module
    • GalaxyMLApplicationTool
  • immuneML.api.galaxy.GalaxySimulationTool module
    • GalaxySimulationTool
  • immuneML.api.galaxy.GalaxyTool module
    • GalaxyTool
      • GalaxyTool.run()
  • immuneML.api.galaxy.GalaxyTrainGenModel module
    • GalaxyTrainGenModel
  • immuneML.api.galaxy.GalaxyTrainMLModel module
    • GalaxyTrainMLModel
  • immuneML.api.galaxy.GalaxyYamlTool module
    • GalaxyYamlTool
      • GalaxyYamlTool.update_specs()
  • immuneML.api.galaxy.RepertoireClassificationTool module
    • RepertoireClassificationTool
  • immuneML.api.galaxy.Util module
    • Util
      • Util.check_export_format()
      • Util.check_instruction_type()
      • Util.check_parameters()
      • Util.check_paths()
      • Util.discover_dataset_path()
      • Util.export_galaxy_dataset()
      • Util.reformat_galaxy_dataset()
      • Util.remove_path_from_filename()
      • Util.run_tool()
      • Util.update_dataset_key()
      • Util.update_result_paths()
  • immuneML.api.galaxy.build_apply_gen_model_specs module
    • build_specs()
    • main()
    • parse_command_line_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_clustering_yaml module
    • build_labels()
    • build_specs()
    • main()
    • parse_command_line_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_dataset_overview_yaml module
    • add_report_with_label()
    • build_specs()
    • get_dataset_specs()
    • main()
    • parse_commandline_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_dummy_data_simulation_yaml module
    • build_specs()
    • get_dataset_simulation_specs()
    • main()
    • parse_commandline_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_ligo_yaml module
    • build_specs()
    • main()
    • parse_command_line_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_ml_application_yaml module
    • build_specs()
    • main()
    • parse_command_line_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_train_gen_model_specs module
    • build_specs()
    • main()
    • parse_command_line_arguments()
  • immuneML.api.galaxy.build_train_ml_model_yaml module
    • build_encodings_specs()
    • build_labels()
    • build_ml_methods_specs()
    • build_settings_specs()
    • build_specs()
    • check_arguments()
    • get_ml_method_spec()
    • get_sequence_enc_type()
    • main()
    • parse_commandline_arguments()
  • Module contents

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